1868年(清同治七年)，英国传教士杨格非博士在武昌昙华林开办了一所教会医院——仁济医院。

1924年，美国天主教在此开办圣若瑟医院，医院规模很小，1950年，圣若瑟医院有病床40张，实际使用床位20张，设有内科、外科，病房分为男病室、女病室、一等病室三处。

1949年，湖北省人民政府接管医院。

1950年，与湖北省人民医院的传染病院、结核病院合并组建联合医院，由湖北省人民政府卫生处领导，呈报武汉市人民政府卫生局备案。医院病床计划200张，张仓祥是医院建国后的第一任院长，从此医院业务与建设进入了一个新的阶段。

奉湖北省人民政府命令和省卫生处医特字第1715号通知，联合医院改组成立湖北医院，专作供给制干部治疗医院。1951年9月8日，召开了建院庆祝大会，时任省府秘书长韩宁夫到会讲话。

1951年至1953年，医院先后派出多名医务人员参加抗美援朝医疗队，分赴朝鲜和内地医院工作。

1956年6月，医院由专门为干部服务转向为全省大众服务，并继续保持全省医疗机构前列的地位。

1957年10月，确定湖北医院为省中心医院。

1961年8月26日，原湖北省卫生厅批准，湖北医院与湖北省中医学院附属医院合并为湖北省中医学院附属医院。

1963年3月，医院检验科徐贤泽同志作为全国首批援阿尔及利亚医疗队队员，开展为期两年半的援阿医疗任务。此后的60余年，医院援阿工作从未停歇。

1964年，医院更名为湖北中医学院附属医院。

1965年1月，根据中央卫生部的指示，医院确定为全国九大中医研究基地之一。全省24名西学中医师、名老中医集中到医院，从此医院形成中医、西医、中西医结合三支力量，成为具有雄厚技术力量的省级中医院。

1976年，医院主治医师以上的西学中人员已达52名。省卫生厅决定，将医院办成中西医结合医院，以继承、发掘、整理、提高祖国医药学遗产。

1994年，被国家中医药管理局命名为首批“全国示范中医院”“三级甲等中医院”。

1997年，医院新建门诊楼并启用。

1978年，位于洪山区关山的湖北省中医药研究院成为确定建立的全国六所中医药科研基地之一。

1982年12月，经湖北省人民政府批准，正式使用湖北省中医药研究院院名。

1990年9月，原国家主席李先念同志为湖北省中医药研究院题词。1991年5月，李先念同志题写院名。 

2002年，省政府决定，将“湖北中医学院附属医院”与“湖北省中医药研究院”合并，组建“湖北省中医院”，为省卫生厅直属副厅级事业单位。保留“湖北省中医药研究院”和“湖北中医学院附属医院”牌子。医院分为花园山院区和光谷院区。

2008年，经国家发展和改革委员会、国家中医药管理局确定为国家中医临床研究基地（湖北）的建设单位。2016年12月，医院以优异成绩顺利通过国家中医药管理局组织的国家中医临床研究基地建设综合验收。

2014年，获评国家中医药管理局首批中医住院医师规范化培训基地及中医类别全科医生规范化培养基地（临床培养基地）

2015年6月，医院与捷克伊赫拉瓦医院签订关于建立友好合作关系意向书。

 2018年11月，医院与阿尔及利亚本阿克隆医院签署关于开展中医合作的备忘录。

2020年11月28日，葛店院区开诊运行。

医院形成花园山院区、光谷院区、葛店院区及凤凰门诊“一院四址”。 

2017年，医院被列为全国11家中医药传承创新工程中医药科研机构建设项目储备库单位之一。

2020年12月28日，中医药传承创新工程中医药科研机构建设项目湖北省中医药研究院中医药研究中心大楼在光谷院区开工奠基。

2020年，被列为国家中医疫病防治队伍和疫病防治基地依托建设单位。

2021年1月，经湖北省委同意，医院由省卫生健康委管理调整为湖北中医药大学管理，业务上接受省卫生健康委指导。

 2022年，被列为全国30家国家中医药传承创新中心项目储备库单位之一。

2023年8月27日，湖北时珍实验室在院揭牌。省委副书记、省长王忠林为中国工程院院士、湖北时珍实验室主任王琦颁发聘书，并共同为实验室揭牌。